Publikační etika časopisu Ortodoncie vychází z Etického kodexu Výboru pro publikační etiku (COPE) a z příkladů dobré praxe v českém a zahraničním akademickém prostředí (např. pravidla pro publikační etiku časopisu Elsevier - Publishing Ethics Resource Kit). Etický kodex časopisu Ortodoncie se skládá ze čtyř částí, věnovaných povinnostem autorů, recenzentů, redaktorů a vydavatele.